Kërkesa e parë për një Seminar në Shkodër i ka qenë drejtuar Atit gjeneral të Etërve Jezuitë, Atë Jan Roothan, nga Propaganda Fide në vitin 1834. Pas tre viteve arrijnë në Shkodër dy Jezuitë nga Sicilia, ndërsa vendimi për të ndërtuar Seminarin u mor në vitin 1854. Atë Claudio Neri bleu shtëpinë e zotërinjve Zorba, ku filloi disa mësime, fal bujarisë së Perandorit të Austrisë Frano Zefi. Me 2 gusht 1859 filloi vitin shkollor me 11 seminaristë, në krye me Atë Claudio Neri-n si Rektor të parë. Në vitin 1878 hapet Kolegji Saverian, ku Rektori i Seminarit drejtonte njëkohësisht edhe Kolegjin Saverian. Në vitin 1943 për herë të parë emërohet një Jezuit shqiptar, Atë Gjon Karma studiues i arkeologjisë, me qëllim që të mos lidhen Jezuitët me Italinë fashiste. Ky do të vazhdojë shërbimin e tij deri në muajin shtator të vitit 1945, dhe pastaj do të zëvendësohet prej Atë Danjel Dajanit.
Më 31 dhjetor 1945, pas kremtimit Të Deum-it, Atë Danjel Dajani së bashku me Atë Giovanni Fausti-n dhe seminaristin Mark Çuni u arrestuan dhe me datën 4 mars 1946 u pushkatuan. Më datën 7 mars 1946, qeveria komuniste e asaj kohe vendos që të mbyllet Seminari Papnor. Ky do të rrijë mbyllur për 47 vite. Më 2 shkurt 1992, sipas vendimit të Selisë së Shenjtë, rihapet Seminari në pallatin e Arqipeshkvit të Shkodrës dhe i besohet përsëri Jezuitëve.
Gjatë Jubileut të madh të vitit 2000 kemi shugurimet e para për diakonat dhe presbiterat. Bashkësitë formuese janë: Seminari i ulët, Viti Propedeutik ose parapërgatitor dhe Seminari i lartë.
Projekti i formimit i prezantohet Konferencës Ipeshkvnore dhe miratohet nga Propaganda Fide në vitin 1999. Në punën formuese së bashku me Etërit Jezuitë bashkëpunojnë edhe disa meshtarë dioqezan. Në Shkollën e Filozofisë dhe Teologjisë japin mësim në lëndë të ndryshme shumë meshtarë, rregulltarë, rregulltare dhe disa laikë. Në vitin 2006 mbyllet Seminari i ulët e fillon me më shumë përgjegjësi promovimi i thirrjeve brenda dioqezave.
Seminari Ndërdioqezan aktualisht ka katër nivele formimi: faza propedeutik ose parapërgatitor, faza dishepullore, ajo e përngjasimin dhe ajo e sintezës thirrore ose viti baritor përgatitor për diakonatin.
